Die Vermittlung von Bildung und Wissen, ganzheitliche und personale Erziehung sowie religiöse und werteorientierte Bildung sind die Kernpunkte des sogenannten Marchtaler Plans – ein reformpädagogisches Konzept, dem sich die Katholische freie Schule im Bildungszentrum St. Kilian verschrieben hat. Entsprechend dem Stiftungszweck fördert die Ernst Franz Vogelmann-Stiftung geeignete Initiativen und Angebote der Schule. Die Förderpallette reicht dabei von Eintritten und Führungen in Museen, von Outdoor-Aktivitäten bis hin zur Unterstützung von Ausflügen, dem Ankauf von Musikinstrumenten und Noten und vielem mehr.
Darüber hinaus finanziert die Ernst Franz Vogelmann-Stiftung Preise für die beste Abiturientin oder den besten Abiturienten im Fach Wirtschaft, für die Fächerübergreifende Kompetenzprüfung in der Realschule sowie die Projektprüfung in der Hauptschule. Weiter fördert die Stiftung Preise für die Abschlussschüler*innen: beim Realschulabschulabschluss den/die Jahrgangsbeste/n der praktischen Prüfungen (Technik, AES) oder Kommunikationsprüfung (Französisch), beim Hauptschulabschluss den/die Jahrgangsbeste/n in der Projektarbeit.